ステロイド外用剤を皮膚に長期使用すると皮膚萎縮、皮膚感染症の誘発、毛細血管拡張などの副作用が生じることがある。しかしながら治療が困難な患者やアトピービジネスがその弊害を過剰に主張したり、内服薬の副作用を外用薬のそれと混同することもあり、治療現場は混乱している(ステロイド皮膚症を参照のこと)。
日本皮膚科学会で示される治療ガイドラインによると、ステロイド外用剤の中止によるリバウンド(Rebound effect)(急激な症状悪化・再燃)に関する言及はない。
症状が重く QOL(生活の質)が著しく低下している場合は密封塗布や皮下注射を行ったりすることもある。或いはステロイド内服薬を服用する場合もある。

